Pada tahun 1742, orang Bugis yang diketuai oleh Daeng Chelak telah datang menyerang Perak. Bugis kemudiannya telah menyokong Raja Muda Muhammad Syah sebagai sultan yang baharu.
Pada ketika ini, Kesultanan Perak telah terbahagi kepada 2 iaitu satu kawasan iaitu utara dirajai oleh Sultan Muzaffar Syah III dan satu kawasan lagi di selatan dirajai oleh Sultan Muhammad Syah.
Namun perpecahan ini tidak bertahan lama apabila Sultan Muhammad Syah telah menyerahkan kembali takhta kepada Sultan Muzaffar Syah.
Tetapi sebelum menyerahkan takhta itu, Sultan Muhammad Syah telah bertindak membaiki semula istana Sultan Muzaffar di Barhaman Indera (Bota) yang rosak teruk dalam peperangan itu.
Selepas istana itu siap dibaiki maka Sultan Muzaffar Syah telah dijemput untuk bertakhta semula di istana lamanya itu.
Selepas menyerahkan kuasanya sekitar tahun 1743, Sultan Muhammad Syah sudah tidak lagi terlibat dalam pentadbiran Perak secara aktif.
Kemudian anakandanya Raja Iskandar telah diangkat sebagai Raja Muda Perak yang baharu bersemayam di Pulau Tiga. Selepas Sultan Muzaffar Syah III mangkat bergelar Marhum Haji Allah pada tahun 1756 maka Raja Iskandar telah diangkat sebagai Sultan Perak yang baharu bergelar Sultan Iskandar Zulkarnain (1756-1770).
Sumber Pages Facebook Seri Cendekiawan.